Река расположена к северо-западу от г. Туапсе. Берёт начало на юго-западном склоне горы Агой (высота 958 м.) и впадает в Чёрное море у п. Агой. У горы Мазепа протекает в обрывистом ущелье. В среднем течении, в трёх километрах от села Агуй-Шапсуг, на левом берегу реки Агой, находятся минеральные источники.
Из притоков реки Агой на правобережье присоединяются: р. Колехо длиной 15 км, берёт начало на южном склоне горы Агой, и более мелкие — Сатенюк, Тубе и другие, берущие начало у гор Тубе и Агой.
Река маловодна летом, водный режим — паводковый. Ширина долины реки Агой в пойменной части составляет 1700 м, в среднем течении — до 250 м. Берега сложены толщей обвальных отложений. Крутизна склонов в отдельных местах большая, есть почти отвесные участки со скалами и ущельями. Форма рельефа — с расширенными долинами со сниженными водоразделами. Скорость течения на равнинных участках до 4 метров в секунду, в паводковый период расход воды достигает до 600 кубометров в секунду!!! Количество паводков в год бывает в среднем 12. Во время паводков уровень реки резко поднимается. Река превращается в бурный поток, несёт много обломочного материала: песок, гравий, гальку. Находиться в это время в реке и даже на низком берегу — опасно! Водяной вал с большой скоростью несётся к морю, увлекая за собой камни, корни деревьев и всё, что попадается на пути потока. Страшное и одновременно восхитительное зрелище.
У горы Мазепа, в 7 км. от п. Агуй-Шапсуг река протекает среди скал именуемых «Волчьи Ворота». В 5 км. от п. Агуй-Шапсуг, в живописном урочище Сатенок, имеются минеральные источники. Скалы и обрывы имеются также в верховьях притока Тубе. Живописны ущелья со скалами и водопадами, поэтому рекомендуем обязательно совершить поход по реке (фото или видео камеру захватить не забудьте).
